a. Dasar Pengelompokan
Taksonomi merupakan cara atau upaya
pengelompokan jasad hidup di dalam kelompok atau takson yang sesuai. Pertama
kali pengelompokan ini hanya untuk lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan, tetapi
ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan.
Mikroba sesuai dengan bentuk dan
sifatnya termasuk kedalam Dunia tumbuh-tumbuhan. Sehingga kalau sebelumnya
dunia tersebut hanya terbagi kedalam dua kelompok besar yaitu :
1.
Monocotyledoneae, yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal.
2.
Dicotyledoneae, yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji dua, maka
sekarang akan bertambah dengan 1 kelompok besar lainnya.
3.
Acotyledoneae, atau tumbuh-tumbuhan tanpa keping biji, yaitu Cryptogamae
(kriptos = tersembunyi/tidak ada atau tidak nampa, gamae = alat
perkembangbiak).
Mikroba termasuk kedalam kelompok
ke-3 tersebut sesuai dengan sifat alat untuk perkembangbiakannya.
Dari segi mikrobiologi sendiri,
dunia Mikroba terbagi menjadi dua kelompok besar lainnya, pembagian ini
berdasarkan kepada ada tidaknya inti, baik yang sudah terdiferensiasi ataupun
yang belum. Yaitu :
1.
Prokaryota, yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau
tidak terdiferensiasi. Kedalam kelompok ini termasuk :
a)
Bakteria,
b)
Mikro-alga biru-hijau (BGA = blue-green algae),
2.
Karyota, yaitu kelompo mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah
terdiferensiasi. Kedalam kelompok ini termasuk :
a)
Jamur, termasuk didalamnya ragi,
b)
Mikro-alga lainnya
Walaupun ada kelompok kehidupan atau
jasad lain yang dianggap hirup berdasarkan kepada bentuk dan sifatnya tidak
sama dengan mikroba tetapi mengingat kepentingan dan asosiasi kehidupannya, ada
dua kelompok besar lain yang umumnya dimasukkan kedalam Dunia Mikroba yaitu :
1.
Protozoa
2.
Virus
Klasifakasi Bakteri
Umumnya berbentuk 1-sel atau sel
tunggal atau uniseluler, tidak mempunyai klorofil berkembangbiak dengan
pembelahan sel atau biner. Karena tidak mempunyai klorofil, bakteri hidup
sebagai jasad yang saprofitik ataupun sebagai jasad yang parasitik. Tempat
hidupnya tersebar di mana-mana, sejak di udara, di dalam tanah, didalam air,
pada bahan-bahan, pada tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan.
Kriteria untuk Klasifikasi Bakteri
Kriteria sesuai untuk tujuan
klasifikasi bakteri termasuk sifat-sifatnya telah diterangkan dalam bab
terdahulu, informasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan
melihat lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau
flagella. Prosedur pewarnaan seperti pewarnaan gram dapat memberikan perkiraan
bakteri memiliki kekerabatan yang dekat. Hal ini merupakan petunjuk awal bahwa
keragaman kimiawi DNA dari organisme yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya
kekerabata genetik. Studi fisik membuktian bahwa kekerabatan DNA dari organisme
yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan kromosom DNA untuk dikawin
silangkan.
Tabel . Tingkat Taksonomi
Tingkatan
Resmi
|
Contoh
|
Kingdom
|
Prokaryotae
|
Divisi
|
Gracilicutes
|
Klas
|
Scotobacteria
|
Ordo
|
Eubacteriales
|
Famili
|
Entobacteriaceae
|
Genus
|
Escherichia
|
spesies
|
Coli
|
Penyusunan urutan DNA telah menjadi
prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan DNA diantara beragam
gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan DNA diantara gen-gen
yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik dari
gen-gen yang berhubungan dekat, dan perbedaan susunan di antara gen-gen yang
tersebar secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok
bakteri yang hubungannya jauh.
Ribosom memiliki pesan penting dalam
sintesa protein. Gen penanda RNA ribosom dan protein ribosom telah diturunkan
melalui evolusi dan telah disebarkan lebih lambat daripada gen kromosom
lainnya. Perbandingan susunan dari 165S RNA ribosom dari berbagai sumber
biologis menunjukkan adanya hubungan evolusi diantara organisme yang sangat
beragam dan menunjukkan adanya kingdom baru, yaitu Arecbaebacteria.
Penemuan terbaru, hibridisasi DNA
dengan rangkaian oligonukleotida padat telah digunakan untuk mengidentifikasi
spesies.
Bentuk Sel Tunggal
Bakteri(1)coccus,(2)batang,(3)spiral.
BAKTERI
Bakteri
merupakan mikrobia prokariotik uniselular, termasuk klas Schizomycetes, berkembang
biak secara aseksual dengan pembelahan sel. Bakteri tidak berklorofil kecuali
beberapa yang bersifat fotosintetik.
Cara
hidup bakteri ada yang dapat hidup bebas, parasitik, saprofitik, patogen pada
manusia, hewan dan tumbuhan. Habitatnya tersebar luas di alam, dalam tanah, atmosfer
(sampai + 10 km diatas bumi), di dalam lumpur, dan di laut. Bakteri mempunyai
bentuk dasar bulat, batang, dan lengkung. Bentuk bakteri juga dapat dipengaruhi
oleh umur dan syarat pertumbuhan tertentu. Bakteri dapat mengalami involusi,
yaitu perubahan bentuk yang disebabkan faktor makanan, suhu,dan lingkungan yang
kurang menguntungkan bagi bakteri. Selain itu dapat mengalami pleomorfi, yaitu
bentuk yang bermacam-macam dan teratur walaupun ditumbuhkan pada syarat
pertumbuhan yang sesuai. Umumnya bakteri berukuran 0,5-10 μ.
Berdasarkan klasifikasi artifisial yang dimuat dalam buku “Bergey’s manual of determinative
bacteriology” tahun 1974, bakteri diklasifikasikan berdasarkan deskripsi sifat
morfologi dan fisiologi. Dalam buku ini juga terdapat kunci determinasi untuk mengklasifikasikan
isolat bakteri yang baru ditemukan. Menurut Bergey’s manual,bakteri dibagi
menjadi 1 kelompok (grup), dengan Cyanobacteria pada grup20. Pembagian ini
berdasarkan bentuk, sifat gram, kebutuhan oksigen, dan apabila tidak dapat
dibedakan menurut ketiganya maka dimasukkan ke dalam kelompok khusus.
KLASIFIKASI
BAKTERI
I.
Bakteri berbentuk kokus (bulat)
a.
Bakteri kokus gram positif (grup 14)
Aerobik:
Micrococcus, Staphylococcus, Streptococcus, Leuconostoc
Anaerobik:
Methanosarcina, Thiosarcina, Sarcina, Ruminococcus
b.
Bakteri kokus gram negatif
Aerobik:
Neisseria, Moraxella, Acinetobacter, Paracoccus (grup 10)
Anaerobik:
Veillonella, Acidaminococcus, Megasphaera (grup 11)
II.
Bakteri berbentuk batang
a.
Bakteri gram positif
1.
Bakteri gram positif tidak membentuk spora (grup 16)
Aerobik:
Lactobacillus, Listeria, Erysipelothrix, Caryophanon.
2.
Bakteri Coryneform dan actinomycetes (grup 17)
Aerobik
Coryneform: Corynebacterium, Arthrobacter, Brevibacterium,
Cellulomonas,
Propionibacterium, Eubacterium,
Bifidobacterium.
Aerobik
Actinomycetes: Mycobacterium, Nocardia, Actinomyces, Frankia,
Actinoplanes,
Dermatophilus, Micromonospora,
Microbispora,
Streptomyces, Streptosporangium.
Actinomycete
dapat membentuk miselium yang sangat halus dan bercabangcabang.
Miselium
vegetatif tumbuh di dalam medium, dan miselium udara ada di
permukaan
medium. Bakteri ini dapat berkembang biak dengan spora, secara
fragmentasi
dan segmentasi, dengan chlamydospora, serta dengan bertunas.
Bakteri
ini umumnya mempunyai habitat pada lingkungan dengan pH yang tinggi.
Cara
hidupnya ada yang bersifat saprofit, simbiosis dan beberapa sebagai
parasit.
Frankia adalah actinomycetes yang mampu menambat nitrogen dan
dapat
bersimbiosis dengan tanaman.
3.
Bakteri pembentuk endospora (grup 15)
Aerobik:
Bacillus, Sporolactobacillus, Sporosarcina, Thermoactinomyces
Anaerobik:
Clostridium, Desulfotomaculum, Oscillospira
b.
Bakteri gram negatif
1.
Bakteri gram negatif aerobik (grup 7)
Aerobik:
Pseudomonas, Xanthomonas, Zoogloea, Gluconobacter, Acetobacter, Azotobacter,
Azomonas, Beijerinckia, Derxia, Rhizobium, Agrobacterium, Alcaligenes,
Brucella, Legionella, Thermus. Bakteri Azotobacter, Beijerinckia, Derxia,
Rhizobium termasuk diazotroph yang dapat menambat nitrogen dariudara.
Azotobacter, Beijerinckia, dan Derxia cara hidupnya bebas tidakbersimbiosis,
Rhizobium hidupnya dapat bersimbiosis dengan akar tanaman leguminosa dengan
membentuk bintil akar.
2.
Bakteri gram negatif aerobik khemolitotrofik (grup12)
Aerobik:
Nitrobacter, Nitrospira, Nitrococcus, Nitrosomonas, Nitrosospira,
Nitrosococcus,
Nitrosolobus. Bakteri bakteri tersebut umumnya berperan dalam proses
nitrifikasi di dalam tanah. Thiobacillus, Sulfolobus, Thiobacterium, Thiovolum,
yang merupakan bakteri yang berperan dalam proses oksidasi sulfur di alam.
3.
Bakteri berselubung (grup 3)
Aerobik:
Sphaerotilus, Leptothrix, Cladothrix, Crenothrix. Bakteri Sphaerotilus biasanya
hidup di saluran-saluran air. Leptothrix,dan Cladothrix merupakan bakteri yang
mampu mengoksidasi besi atau penyebab
korosi.
4.
Bakteri gram negatif fakultatif anaerobik (grup 8)
Fakultatif
anaerobik: Escherichia coli, Klebsiella, Enterobacter, Salmonella,
Shigella,
Proteus, Serratia, Erwinia, Yersinia, Vibrio,
Aeromonas,
Photobacterium.
5.
Bakteri gram negatif anaerobik (grup 9)
Sangat
Anaerobik: Bacteroides, Fusobacterium, Leptotrichia
6.
Bakteri Methanogens dan arkaebakteria (grup 13)
Sangat
Anaerobik: Methanobacterium, Methanothermus, Methanosarcina, Methanothrix,
Methanococcus. Bakteri ini merupakan pembentuk metan (CH4) dari hasil
perombakan bahan organik secara anaerobik.
Aerobik:
Halobacterium, Halococcus, Thermoplasma. Bakteri ini ada yang tahan hidup pada
kadar garam tinggi dan dan ada yang tahan pada suhu
tinggi.
Anaerobik:
Thermoproteus, Pyrodictium, Desulforococcus.
III.
Bakteri berbentuk lengkung
a.
Bakteri gram negatif spiril dan lengkung (grup 6)
Aerobik:
Spirillum, Aquaspirillum, Azospirillum, Oceanospirillum, Campylobacter,
Bdellovibrio,
Microcyclus, Pelosigma. Bakteri Azospirillum termasuk
bakteri
penambat nitrogen yang dapat berasosiasi dengan tanaman
gramineae
termasuk tanaman padi. Bakteri Bdellovibrio adalah bakteri
yang
dapat hidup sebagai parasit pada sel bakteri lain (parasit bakteri).
b.
Bakteri gram negatif lengkung anaerobik (grup 9)
Anaerobik:
Desulfovibrio, Succinivibrio, Butyrivibrio, Selenomonas. Bakteri
Desulfovibrio
merupakan salah satu bakteri yang mampu mereduksi
sulfat.
c.
Spirochaeta (grup 5)
Aerobik
dan anaerobik: Spirochaeta, Cristispira, Treponema, Borrelia, Leptospira.
Bakteri
ini berbentuk benang tipis dan terulir. Dinding sel
tipis
dan lentur. Bakteri ini dapat bergerak dengan cara
kontraksi
sel menurut garis sumb selnya. Selnya
berukuran
0,1-3 μ x 4-8 μ .
IV.
Bakteri yang termasuk kelompok khusus
a.
Bakteri yang merayap (meluncur) (grup 2)
Bakteri
ini dapat merayap walaupun tidak berflagela. Bakteri ini selalu bersifat gram
negatif. Dalam kelompok ini termasuk beberapa ganggang biru, beberapa bakteri
khemoorganotrof
dan beberapa bakteri belerang (sulfur).
Kelompok
bakteri yang menjadi anggota bakteri merayap (meluncur) adalah
sbb:
1.
Bakteri yang mengandung sulfur intraselular, berbentuk benang. Contoh:
Beggiatoa,
Thiothrix, Achromatium.
2.
Bakteri bebas sulfur, membentuk trikoma (bulu). Contoh: Vitreoscilla, Leucothrix,
Saprospira.
3.
Bakteri uniselular, bentuk batang pendek. Contoh: Cytophaga,Flexibacter,
Myxobacteria.
4.
Bakteri fototrof yang bergerak merayap. Contoh: Chloroflexus
5.
Cyanobacteria yang bergerak merayap. Contoh: Oscillatoria.
Myxobacteria.
Bakteri yang termasuk myxobacteria mempunyai dinding sel
sangat
tipis dan lentur. Bakteri ini bersifat gram negatif, dan dapat bergerak
meluncur.
Bentuk
sel umumnya memanjang (spoel) dengan ujung runcing. Dalam siklus hidupnya dapat
membentuk badan buah, yang merupakan kumpulan sel yang berdifrensiasi.
Ukuran
badan buah kurang dari 1 mm. Contoh: Chondromyces, Myxococcus.
b.
Bakteri bertangkai atau bertunas (grup 4)
Bakteri
ini mempunyai struktur mirip tangkai atau tunas yang merupakan
tonjolan
dari sel, atau hasil pengeluaran lendir. Contoh: Hypomicrobium, Caulobacter,Prosthecomicrobium,
Ancalomicrobium, Gallionella, Nevskia.
c.
Bakteri parasit obligat: Rickettsiae dan Chlamydiae (grup 18)
Merupakan
bakteri yang berukuran paling kecil, tetapi lebih besar dari virus,
yaitu
0,3x2μ. Bentuk sel pleomorfik, dapat berupa batang,
kokus, atau filamen. Bakteri ini cara hidupnya sebagai parasit sejati (parasit
obligat) di dalam sel jasad lain dan bersifat patogen. Hidupnya intraselular di
dalam sitoplasma dan inti sel binatang dan manusia. Oleh karena itu bakteri
kelompok ini merupakan penyebab penyakit, yang biasanya ditularkan oleh vektor
serangga. Contoh: Rickettsia prowazekii, Chlamydia trachomatis, Coxiella
burnetii.
d.
Mycoplasma (klas Mollicutes) (grup 19)
Mycoplasma
disebut juga PPLO (Pleuropneumonia Like Organisms). Cirinya yaitu tidak
mempunyai dinding sel, atau merupakan bentuk L dari bakteri sejati (Eubakteria)
atau bentuk speroplas sel eubakteria, sehingga sifatnya mirip bakteri sejati.
Mycoplasma
berukuran 0,001-7μ . Umumnya lebih besar dari
Rickettsiae dan dapat dicat dengan cat anilin. Ukuran koloni mencapai 10-600μNOSelnya
berbentuk kokus, filamen, roset, dan sangat pleomorfik. Selnya dapat
memperbanyak diri dengan pembelahan biner, fragmentasi, dan perkecambahan. Cara
hidupnya sebagai saprofit atau patogen. Contoh: Mycoplasma mycoides, M.
homonia, M. orale, Acholeplasma, Spiroplasma. Bakteri bentuk L atau bakteri
dalam bentuk protoplas, tidak berdinding sel. Hal ini dapat terjadi karena
mutasi atau dibuat. Contohnya
(a) Mycobacterium tuberculosis dalam medium
dengan tegangan muka rendah dan ditambah lisosim serta EDTA.
(b) Strain
mutan Staphylococcus aureus dalam medium dengan penisilin G.
e.
Bakteri anaerobik anoksigenik fototrofik (grup 1)
Bakteri
ini mempunyai ciri berpigmen fotosintetik. Ada yang berbentuk kokus,
batang,
dan lengkung. Berdasarkan sifat fisiologinya dapat dibagi menjadi:
1.
Familia Thiorhodaceae (bakteri sulfur ungu). Contoh: Thiospirillum sp.,
Chromatium
sp.
2.
Familia Athiorhodaceae/Rhodospirillaceae (bakteri sulfur non-ungu). Contoh:
Rhodospirillum,
Rhodopseudomonas.
3.
Familia Chlorobiaceae (bakteri sulfur hijau). Contoh: Chlorobium,
Chloropseudomonas,
Chlorochromatium.
f.
Bakteri aerobik oksigenik fototrofik: Cyanobacteria (grup 20)
Bakteri
ini termasuk Myxophyceae atau Cyanophyceae. Sifatnya yang mirip
bakteri
adalah dinding selnya terdiri mukokompleks, tidak berdinding inti, tidak ada mitokondria
dan kloroplas. Sifatnya yang berbeda adalah dapat berfotosintesa mirip tumbuhan
tingkat tinggi, dan menghasilkan O2.
Bakteri
ini mempunyai klorofil a dan fikobilin (fikosianin dan fikoeritrin). Bentuk selnya
tunggal (uniselular), koloni, dan benang-benang (filamen). Selnya dapat
bergerak meluncur tetapi sangat lambat (250 μ per
menit), meskipun tidak berflagela. Cara hidupnya bebas, dan berasosiasi
simbiosis. Umumnya dapat menambat nitrogen dari udara, dan bersifat fotoautotrof
obligat. Contoh: Gloeobacter, Gloeocapsa, Dermocarpa,Spirulina, Nostoc,
Anabaena, Oscillatoria, Calothrix, Cylindrospermum. Anabaena azollae dapat
bersimbiosis dengan tanaman paku air Azolla sp. dan Nostoc bersimbiosis dengan
jamur membentuk Lichenes.
Klasifikasi Virus
a.
Virus Bakterial
Bakterifage (fage) adalah virus yang
menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam sel bakteri. Kemudahan
relatif dalam penangannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri membuatnya
menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus maupun banyak
masalah dasar di dalam biologi, termasuk biologi seluler dan molekular serta
imunologi
Fage pada hakekatnya terdiri dari
sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung protein pelindung.
Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai berikut :
adsorbsi partikel fage, penetrasi asam nukleat, replikasi asam nukleat virus,
perakitan partikel-partikel fage baru, dan pembebasan partikel-partikel fage
ini di dalam suatu ledakan bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang,
fage-fage virulen telah digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri
patogenik.
b.
Virus Hewan dan Tumbuhan
Virus hewan dan virus tumbuhan
adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. Setiap virus mempunyai
sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. Secara morfologis,
virus hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral, halikal bersampul atau
kompleks.
Proses replikasi virus dimulai
dengan melekatnya virion pada sel inang. Peristiwa ini disusul dengan penetrasi
dan pelepasan selubung, biosintesis komponen-omponen virus dan perakitan serta
pematangan virion. Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel inang.
Sistem yang secara paling luas
digunakan untuk klasifikasi virus terlihat pada sistem ini, yang diperkenalkan
oleh A. Loff dan kawan-kawan dalam tahun 1962, virus dikelompokkan menurut
sifat virionnya yaitu semacam asam nukleat, bentuk susunan kapsid, ada tidaknya
selubung dan ukuran kapsid. Pembagian lebih lanjut didasarkan atas sifat-sifat
lain virion itu, seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua, sifat
pertumbuhan virus, seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua, sifat
pertumbuhan virus, seperti kedudukan tempat sintesis virus di dalam sel dan
hubungan timbal balik antara inang dan virus, seperti digambarkan oleh kisaran
inang. Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami atau
filogenik, berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan
evolisoner atara virus-virus. Hubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan
sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimiawi
dan strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat.
VIRUS
Virus
ukurannya sangat kecil dan dapat melalui saringan (filter) bakteri. Ukuran virus
umumnya 0,01-0,1 μ. Virus tidak dapat diendapkan dengan
sentrifugasi biasa.
Untuk
melihat virus diperlukan mikroskop elektron.
Sifat-sifat
virus yang penting antara lain:
1.
Virus hanya mempunyai 1 macam asam nuklein (RNA atau DNA)
2.
Untuk reproduksinya hanya memerlukan asam nuklein saja.
3.
Virus tidak dapat tumbuh atau membelah diri seperti mikrobia lainnya Virus
memiliki sifat-sifat khas dan tidak merupakan jasad yang dapat berdiri sendiri.
Virus memperbanyak diri dalam sel jasad inang (parasit obligat) dan menyebabkan
sel-sel itu mati. Sel inang adalah sel manusia, hewan, tumbuhan, atau pada
jasad renik yang lain. Sel jasad yang ditumpangi virus dan mati itu akan mempengaruhi
sel-sel sehat yang ada didekatnya, dan karenanya dapat mengganggu seluruh
kompleks sel (becak-becak daun, becak-becak nekrotik dan sebagainya.
1.
VIRUS TUMBUHAN
Virus
tumbuhan pada umumnya masuk ke dalam sel melalui luka, jadi tidak dapat
menerobos secara aktif. Sebagai tanda penyerangannya ialah adanya becakbecak nekrotik
di sekitar luka primer. Dalam alam virus tumbuhan disebarkan dengan pertolongan
hewan serangga vektor atau dengan cara lain, misalnya tanaman Cuscuta dengan
haustorianya juga memindahkan virus melalui sistem jaringan angkutannya (buluh-buluh
pengangkutan).
Banyak
jenis virus yang memperbanyak diri terlebih dahulu di dalam tractus
digestivus
hewan-hewan vektornya. Setelah masa inkubasi tertentu dapat menyebabkan infeksi
pada tumbuh-tumbuhan lagi. Virus semacam itu dikenal sebagai virus yang
persisten. Virus yang nonpersisten dapat segera ditularkan dengan gigitan (sengatan)
serangga (hewan).
Virus
tumbuhan yang telah banyak dipelajari adalah TMV (Tobacco Mozaic
Virus
= Virus Mozaik Tembakau). Bahan genetik virus ini ialah RNA.
2.
BENTUK VIRUS
Suatu
virion terdiri atas bahan genetik (RNA atau DNA) yang diselubungi oleh selubung
protein. Selubung protein ini disebut kapsid. Asan nuklein yang diselubungi
kapsid disebut nukleokapsid. Nukleokapsid dapat telanjang misalnya pada TMV
(Tobacco Mozaik Virus yang menyebabkan penyakit becak daun), Adenovirus dan
virus kutil (Warzervirus); atau diselubungi oleh suatu membran pembungkus
misalnya pada virus influenza, virus herpes. Kapsid terdiri atas bagian-bagian
yang disebut kapsomer (misalnya pada TMV dapat terdiri atas hanya satu rantaian
polipeptida, juga dapat terdiri atas protein monomer-protein monomer yang
identik yang masing-masing terdiri atas rantaian polipeptida). Pada dasarnya
kapsid terdiri atas banyak satuan-satuan dasar yang identik. Pada umumnya
kapsid tersusun simetris. Pada TMV (suatu virus yang berbentuk batang)
kapsomernya tersusun dalam bentuk anak tangga uliran spiral.
Bentuk
dasar virus adalah yang bulat, silindris, kubus, polihedral, seperti huruf T,
dan lain-lain.
3.
BAKTERIOPHAGE (VIRUS YANG MENYERANG BAKTERI)
Virus
pada bakteri coli (T-phage) terdiri atas dua bagian, yaitu bagian kepala yang
berbentuk heksagonal dan bagian ekornya. Bentuk demikian itu hanya dapat dilihat
pada pengamatan dengan mikroskop elektron. Bagian kepala terdiri atas bagian utama
yang bagian pusatnya terdiri atas DNA; sedang bagian luarnya merupakan selubung
protein yang berfungsi sebagai pelindung. Bagian ekornya berupa tubus yang mempunyai
sumbat, selain itu dilengkapi pula dengan serabut ekor. Bakteri yang terserang
bakteriofag akan lisis.
Untuk
mendapatkan gambaran tentang siklus hidup bakteriofag, perlu ditinjau tingkatan-tingkatan
yang terjadi pada waktu phage menyerang bakteri:
a.
Pada permulaannya phage melekat dengan bagian ekornya pada bagian tertentu dari
sel
(fase adsorpsi phage pada sel) .
b.
DNA phage dimasukkan ke dalam sel melalui tubus ekornya, DNA phage merusak
DNA
bakteri sehingga proses di dalam sel dikendalikan oleh DNA phage, kemudian akan
terbentuk protein (selubung) phage dan DNA phage yang baru (fase perkembangan
phage).
c.
Fase yang terakhir ialah keluarnya partikel-partikel virus (bekteriophage) dari
sel. Sel
bakteri
mengalami lisis (bakteriolisis/ fase pembebasan phage).
Ada
beberapa virus yang ukurannya sangat kecil, dan hanya tersusun dari beberapa
asam nukleat saja. Virus yang sangat sederhana ini disebut viroid. Sekarang telah
ditemukan juga jasad hidup yang susunan kimianya hanya terdiri dari beberapa molekul
protein, jasad ini disebut prion.
Klasifikasi Jamur
Bentuknya sel tunggal (misal pada
ragi), kemudian serat atau filamen (paling banyak di dapatkan), sampai dengan
telah membentuk tubuh lengkap yang dinamakan tubuh-buah (misalkan pada jamur
merang. Mushrooms, dan sabagiannya). Seperti bakteria, Jasad ini tidak
mempunyai klorofil, karena dia hidup secara saprofik ataupun parasitik
JAMUR
Di
dalam dunia mikrobia, jamur termasuk divisio Mycota (fungi). Mycota berasal dari
kata mykes (bahasa Yunani), disebut juga fungi (bahasa Latin). Ada beberapa istilah
yang dikenal untuk menyebut jamur, (a) mushroom yaitu jamur yang dapat menghasilkan
badan buah besar, termasuk jamur yang dapat dimakan, (b) mold yaitu jamur yang
berbentuk seperti benang-benang, dan (c) khamir yaitu jamur bersel satu. Jamur
merupakan jasad eukariot, yang berbentuk benang atau sel tunggal, multiseluler
atau uniseluler. Sel-sel jamur tidak berklorofil, dinding sel tersusun dari khitin,
dan belum ada diferensiasi jaringan. Jamur bersifat khemoorganoheterotrof
karena
memperoleh energi dari oksidasi senyawa organik. Jamur memerlukan oksigen
untuk
hidupnya (bersifat aerobik).
Habitat
(tempat hidup) jamur terdapat pada air dan tanah. Cara hidupnya bebas
atau bersimbiosis,
tumbuh sebagai saprofit atau parasit pada tanaman, hewan dan
manusia.
A.
Morfologi Jamur Benang
Jamur
benang terdiri atas massa benang yang bercabang-cabang yang disebut miselium.
Miselium tersusun dari hifa (filamen) yang merupakan benang-benang
tunggal.
Badan vegetatif jamur yang tersusun dari filamen-filamen disebut thallus.
Berdasarkan
fungsinya dibedakan dua macam hifa, yaitu hifa fertil dan hifa vegetatif.
Hifa
fertil adalah hifa yang dapat membentuk sel-sel reproduksi atau spora-spora.
Apabila
hifa tersebut arah pertumbuhannya keluar dari media disebut hifa udara.
Hifa
vegetatif
adalah hifa yang berfungsi untuk menyerap makanan dari substrat.
Berdasarkan
bentuknya dibedakan pula menjadi dua macam hifa, yaitu hifa tidak
bersepta
dan hifa bersepta. Hifa yang tidak bersepta merupakan ciri jamur yang
termasuk
Phycomycetes (Jamur tingkat rendah). Hifa ini merupakan sel yang
memanjang,
bercabang-cabang, terdiri atas sitoplasma dengan banyak inti (soenositik).
Hifa
yang bersepta merupakan ciri dari jamur tingkat tinggi, atau yang termasuk
Eumycetes.
B.
Perkembangbiakan jamur
Jamur
dapat berkembang biak secara vegetatif (aseksual) dan generatif (seksual).
Perkembang biakan aseksual dapat dilakukan dengan fragmentasi miselium (thalus)
dan pembentukan spora aseksual. Ada 4 cara perkembang biakan dengan fragmentasi
thalus yaitu, (a) dengan pembentukan tunas, misalnya pada khamir, (b) dengan
blastospora, yaitu tunas yang tumbuh menjadi spora, misalnya pada Candida
sp.,
(c) dengan arthrospora (oidium), yaitu terjadinya segmentasi pada ujung-ujung hifa,
kemudian sel-sel membulat dan akhirnya lepas menjadi spora, misalnya pada
Geotrichum
sp., dan (d) dengan chlamydospora, yaitu pembulatan dan penebalan dinding sel
pada hifa vegetatif, misalnya pada Geotrichum sp. Spora aseksual terbentuk
melalui 2 cara. Pada jamur tingkat rendah, spora aseksual terbentuk sebagai
hasil pembelahan inti berulang-ulang. Misalnya spora yang terbentuk di dalam
sporangium. Spora ini disebut sporangiospora. Pada jamur tingkat tinggi,
terbentuk spora yang disebut konidia. Konidi terbentuk pada ujung konidiofor, terbentuk
dari ujung hifa atau dari konidi yang telah terbentuk sebelumnya.
Perkembang
biakan secara seksual, dilakukan dengan pembentukan spora seksual dan peleburan
gamet (sel seksual). Ada dua tipe kelamin (mating type) dari sel seksual, yaitu
tipe kelamin + (jantan) dan tipe kelamin – (betina). Peleburan gamet
terjadi
antara 2 tipe kelamin yang berbeda. Proses reproduksi secara seksual dibagi
menjadi
3 tingkatan, yaitu:
(a)
plasmogami yaitu meleburnya 2 plasma sel,
(b)
kariogami yaitu meleburnya 2 inti haploid yang menghasilkan satu inti diploid,
dan (c) meiosis yaitu pembelahan reduksi yang menghasilkan inti haploid.
Bentuk
dan cara reproduksi jamur sangat beraneka ragam, dan dapat
digunakan
sebagai dasar untuk mengklasifikasikan jamur tersebut.
C.
Klasifikasi jamur
Ada
beberapa klasis jamur, yaitu Acrasiomycetes (Jamur lendir selular), Myxomycetes
(Jamur lendir sejati), Phycomycetes (Jamur tingkat rendah), dan Eumycetes (Jamur
tingkat tinggi). Eumycetes terdiri atas 3 klasis yaitu Ascomycetes, Basidiomycetes,
dan Deuteromycetes (Fungi imperfecti). Sistem tata nama jamur menggunakan nama
binomial, yang terdiri nama genus dan nama spesifik / spesies. Nama famili
dengan akhiran –aceae, nama order dengan akhiran –ales, dan nama klasis dengan
akhiran –mycetes.
1.
ACRASIOMYCETES
Jamur
ini merupakan kelompok jamur lendir selular, yang hidup bebas di dalam
tanah,
biasanya diisolasi dari tanah humus. Bentuk vegetatifnya berupa sel berinti
satu
yang
amoeboid, seperti protozoa uniselular atau merupakan amoeba haploid, dan
disebut
juga pseudoplasmodium.
Ciri-ciri
sel jamur ini adalah dapat bergerak diatas media padat (pseudopodia),
makan
dengan cara fagositosis, misalnya dengan memakan bakteri. Sifatnya yang mirip
fungi
adalah adanya stadium badan buah, dan terbentuknya spora. Struktur spora
seperti
bentuk kista dari amoeba.
Perkembang
biakan jamur ini dimulai dari berkecambahnya spora, kemudian sel
memperbanyak
diri membentuk pseudoplasmodium, selanjutnya sel-sel beragregasi dan
akan
membentuk badan buah, akhirnya terbentuk sporokarp yang menghasilkan spora
kembali.
Contoh jamur ini adalah Dictyostelium mucoroides dan D. discoideum.
2. MYXOMYCETES
Jamur
ini merupakan jamur lendir sejati. Jamur ini dapat ditemukan pada kayu terombak,
guguran daun, kulit kayu, dan kayu. Bentuk vegetatifnya disebut plasmodium. Plasmodium
merupakan masa sitoplasma berinti banyak dan tidak dibatasi oleh dinding sel
yang kuat. Sel-selnya mempunyai gerakan amoeboid diatas substrat. Cara makan dengan
fagositosis. Apabila plasmodium merayap ke tempat yang kering, akan terbentuk
badan buah. Badan buah menghasilkan spora berinti satu yang diselubung dinding sel.
Spora berasal dari inti-inti plasmodium. Struktur pada semua stadium sama, yaitu
seperti sel soenositik dengan adanya aliran sitoplasma.
Perkembang
biakan jamur ini dimulai dari sel vegetatif haploid hasil perkecambahan spora.
Sel tersebut setelah menggandakan diri akan mengadakan plasmogami dan kariogami
yang menghasilkan sel diploid. Sel diploid yang berkembang
menjadi
plasmodium yang selnya multinukleat tetapi uniselular, selanjutnya membentuk
badan
buah yang berbentuk sporangium. Sporangium tersebut menghasilkan spora haploid.
Contoh jamur ini adalah Lycogala epidendron, Cribraria rufa , dan Fuligo septica.
3.
PHYCOMYCETES
Jamur
ini termasuk jamur benang yang mempunyai hifa tidak bersepta, sel vegetatif
multinukleat, atau disebut thalus soenositik. Secara vegetatif dapat memperbanyak
diri dengan potongan-potongan hifa, dan menghasilkan spora aseksual dalam
sporangium (sporangiospora). Perkembang biakan secara generatif dengan membentuk
spora seksual. Berdasarkan cara terbentuknya spora dibagi menjadi 2 macam, (a)
Oospora, hasil peleburan antara gamet-gamet yang tidak sama besarnya, dan (b)
Zygospora, hasil peleburan gamet-gamet yang sama besarnya. Berdasarkan tipe
sporanya maka jamur ini juga dapat dikelompokkan dalam Oomycetes dan Zygomycetes.
Contoh
jamur yang termasuk klas Oomycetes adalah Saprolegnia sp. (jamur air). dan
jamur patogen seperti Phytophthora infestans (penyebab penyakit potato blight),
Plasmopora viticola (penyebab penyakit embun tepung pada tanaman). Jamur yang Termasuk Zygomycetes ada 3 order, yaitu
Mucorales, Entomophthorales, dan Zoopagales. Jamur Yang penting dari kelompok Mucorales adalah
Mucor sp. Dan Rhizopus sp. Rhizopus nigricans adalah jamur roti, R. oryzae, R.
olygosporus, dan R. stolonifer adalah jamur yang biasa digunakan pada
fermentasi tempe.
4.
ASCOMYCETES
Ciri
jamur ini mempunyai hifa bersepta, dan dapat membentuk konidiofor. Secara
vegetatif dapat berkembang biak dengan potongan hifa, dan pada beberapa jenis
dapat menghasilkan konidia secara aseksual. Fase konidi jamur ini disebut juga fase
imperfect. Fungi yang hanya dalam bentuk fase imperfect disebut fungi
imperfecti (Deuteromycetes). Secara generatif dapat membentuk badan buah yang
disebut askokarp, yang di dalamnya terdapat askus (kantong) yang menghasilkan
askospora. Askospora merupakan hasil kariogami dan meiosis.
Pembentukan
askospora ada 4 cara, yaitu:
1.
Konyugasi langsung seperti pada khamir.
2.
Pembelahan sel miselium.
3.
Peleburan sel-sel kelamin kemudian oogonium menjadi askus.
4.
Dari hife askogen timbul organ-organ tertentu yang mengandung inti rangkap.
Berdasarkan
bentuknya dapat dibedakan 3 macam askus, yaitu:
(a)
Cleistothecium, bentuknya bulat, kasar dan tidak mempunyai lubang khusus
untuk
jalan keluarnya spora.
(b)
Perithecium, bentuk bulat seperti labu, mempunyai osteol untuk jalan keluarnya spora.
(c)
Apothecium, bentuk seperti cawan atau mangkuk, bagian permukaan terdiri atas himenium
yang mengandung askus-askus dalam lapisan palisade, dari lapisan tersebut dapat
dilepaskan askospora. Contoh jamur ini yang penting adalah genus Aspergillus
dan Penicillium. Jamur ini umumnya dapat menghasilkan pigmen hitam, coklat,
merah, dan hijau. Pigmen tersebut dapat digunakan untuk mengidentifikasi
jenis-jenis jamur tersebut. Jamur ini umumnya dapat merombak bahan organik
seperti kayu, buah, kulit, dan sisa-sisa tanaman. Spesies seperti P. roqueforti
dan P. camemberti dapat digunakan untuk flavour (aroma). Penicillium notatum
dan Penicillium chrysogenum untuk produksi antibiotik penisilin. Jamur
Aspergillus niger untuk fermentasi asam sitrat, AspergilluS oryzae dan
Aspergillus wentii untuk fermentasi kecap.
5. BASIODIOMYCETES
Ciri
khusus jamur ini yaitu mempunyai basidium yang berbentuk seperti gada, tidak bersekat,
dan mengandung 4 basidiospora di ujungnya. Pada jamur tertentu mempunyai
hymenium atau lapisan-lapisan dalam badan buah. Hymenium terdapat
pada
mushroom, maka disebut juga Hymenomycetes.
pelebura
Hymenium
terdiri dari basidia, hifa steril, parafisa, dan cysts. Basidia berasal dari
hifa dikariotik, sel ujungnya membesar, inti ikut membesar, 2 inti melebur menghasilkan
1 inti diploid, kemudian membelah reduksi menjadi 4 inti haploid yang menjadi
inti basidiospora. Tipe kelamin basidiospora terdiri atas 2 negatif dan 2
positif. Akumulasi basidiospora dapat dilihat dari warnanya, yaitu seperti
tepung halus berwarna coklat, hitam, ungu, kuning, dan sebagainya. Contoh jamur
ini adalah Pleurotus sp (Jamur Tiram), Cyantus sp., dan khamir
Sporobolomyces
sp.
6.
DEUTEROMYCETES (FUNGI IMPERFECTI)
Semua
jamur yang tidak mempunyai bentuk (fase) seksual dimasukkan ke dalam kelas
Deuteromycetes. Jamur ini merupakan bentuk konidial dari klas Ascomycetes,
dengan askus tidak bertutup atau hilang karena evolusi. Jamur ini juga tidak
lengkap secara seksual, atau disebut paraseksual. Proses plasmogami, kariogami dan
meiosis ada tetapi tidak terjadi pada lokasi tertentu dari badan vegetatif,
atau tidak terjadi pada fase perkembangan tertentu. Miseliumnya bersifat
homokariotik. Contoh jamur ini adalah beberapa spesies Aspergillus,
Penicillium, dan Monilia. Aspergillus sp.
D.
IDENTIFIKASI JAMUR BENANG
Untuk
mengidentifikasi jamur benang lebih diutamakan pengujian sifat-sifat
morfologinya,
tetapi perlu juga pengujian sifat-sifat fisiologi. Hal-hal yang perlu
diperhatikan
pada pengamatan morfologi jamur benang adalah:
1.
Tipe hifa, bersepta atau tidak, jernih atau keruh, dan berwarna atau tidak.
2.
Tipe spora, seksual (oospora, zygospora, askospora, atau basidiospora), aseksual
(sporangiospora, konidia, atau oidia)
3.
Tipe badan buah, bentuk, ukuran, warna, letak spora atau konidi. Bentuk sporangiofor
/ konidiofor, kolumela / vesikula.
4.
Bentukan khusus, misalnya adanya stolon, rhizoid, sel kaki, apofisa, klamidospora,
sklerosia, dan lain-lain.
E.
KHAMIR
Khamir
atau disebut yeast, merupakan jamur bersel satu yang mikroskopik, tidak
berflagela. Beberapa genera membentuk filamen (pseudomiselium). Cara hidupnya
sebagai saprofit dan parasit. Hidup di dalam tanah atau debu di udara, tanah, daun-daun,
nektar bunga, permukaan buah-buahan, di tubuh serangga, dan cairan yang mengandung
gula seperti sirup, madu dan lain-lain. Khamir berbentuk bulat (speroid),
elips, batang atau silindris, seperti buah jeruk, sosis, dan lain-lain.
Bentuknya yang tetap dapat digunakan untuk identifikasi. Khamir dapat
dimasukkan ke dalam klas Ascomycetes, Basidiomycetes dan Deuteromycetes. Sel
khamir
Klasifikasi Alga-Hijau
Bentuknya sama seperti BGA, walaupun
ada beberapa yang sudah mempunyai tubuh lengkap dengan bagian-bagian yang
dinamakan akar batang dan daun walau semuanya bersifat semu (Chara dan
Nitella).
Didapatkan dimana-mana, terutama
pada tanah yang lembab, pada air, menempel pada tanaman ataupun bersifat
endofitik (hidup di dalam jaringan jasad lain). Misal pada Hydra, atau menempel
pada tubuh jasad lain (kulit kura-kura) sehingga kelihatannya hewan tersebut
mempunyai klorofil karena berawarna hijau. Ada beberapa yang hidup secara
simbiosis dengan jamur membentuk jasad baru yang disebut lichenes (lumut
kerak).
Klasifikasi Alga-Biru Hijau
Berbentuk sel tunggal atau filamen
(serat) yang disekelilingnya diselimuti oleh seludang yang terdiri dari lendir
(polisakharida), atau berbentuk koloni sederhana.
Termasuk kedalam kelompok jasad yang
fotosintetik karena mempunyai klorofil, disamping pigmen lainnya seperti
fikobilin (biru), fukosantin (coklat) dan fukoeritrin (merah) hidup didalam
air, di dalam tanah yang lembab atau bersimbiosis dengan jasad lain, sejak
paku-pakuan (Azolla) didalam rongga udara daunnya, atau dengan tanaman tinggi
(Cassuarina) dengan membentuk akar karang
Tidak ada komentar:
Posting Komentar